美国监测中，拉米夫定耐药者使用恩替卡韦五年的基因型耐药累积发生率为51%，初治者为1.2%。韩国队列里，拉米夫定经治者四年累积发生率为28.2%，初治者四年为0。两项分开记录，没有合并。
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中国的一则病例中，一名代偿期肝硬化、拉米夫定耐药并合并慢性肾病的老年男性慢性乙肝患者，从替诺福韦酯换用丙酚替诺福韦（TAF）后，病毒载量下降，肾功能没有恶化。美国另一则病例中，一名61岁男性同时有慢性肾病和HIV/HBV合并感染，使用替诺福韦酯后出现范可尼综合征，换成丙酚替诺福韦后乙肝病毒复制受到抑制，肾功能也有改善。这两则病例提示合并肾损害时换药后的病毒学和肾功能变化，仍需要大型随机对照试验验证。一项在肝移植后合并慢性肾病患者中验证丙酚替诺福韦的II期试验（NCT02862548）仍在进行。
美国对使用恩替卡韦的慢性乙肝患者所做的长期耐药监测中，初治663例的五年基因型耐药累积发生率为1.2%，拉米夫定耐药187例的五年累积发生率为51%。韩国一项回顾性队列另计：使用恩替卡韦的初治142例，四年没有人发生恩替卡韦基因型耐药；拉米夫定经治125例的四年累积发生率为28.2%，风险比为43.885（95%置信区间5.871至328.021，P小于0.001）。拉米夫定经治但未检出拉米夫定耐药变异的233例，四年累积发生率为8.0%，风险比为13.039（95%置信区间1.721至98.777，P=0.013）。多年使用拉米夫定会增加后来使用恩替卡韦时发生耐药的风险。欧洲肝脏研究学会和美国肝病研究学会把拉米夫定耐药者的挽救治疗写成可使用丙酚替诺福韦或替诺福韦酯。
替诺福韦酯在慢性乙肝患者中可引起估算肾小球滤过率下降、骨密度降低、低磷血症，也可能诱发范可尼综合征。上述报道里的患者第一次使用替诺福韦酯两个月后就发生了范可尼综合征。丙酚替诺福韦的肾脏和骨骼安全性高于替诺福韦酯。从替诺福韦酯换到丙酚替诺福韦后，骨密度以及尿β2微球蛋白/肌酐比值、尿视黄醇结合蛋白/肌酐比值有改善。两个学会建议，正在使用替诺福韦酯并伴有肾脏或骨骼疾病的患者可换为丙酚替诺福韦或恩替卡韦。欧洲肝脏研究学会另建议，年龄大于60岁且正在使用替诺福韦酯者可换为丙酚替诺福韦或恩替卡韦；有拉米夫定暴露史时，换药优先考虑丙酚替诺福韦。
恩替卡韦和替诺福韦酯在肌酐清除率低于50毫升/分钟时需要调整剂量。中国、欧洲和美国说明书写明，成人以及12岁及以上且体重不低于35公斤的青少年，肌酐清除率不低于15毫升/分钟，或低于15毫升/分钟但正在透析时，丙酚替诺福韦不必调整剂量。
