2016年佑安医院耐药病例中，恩替卡韦耐药占17.1%。2010年甘肃武威调查中，40至49岁与50至59岁慢乙肝患病率分别为8.7%和8.5%。拉米夫定耐药者五年恩替卡韦基因型耐药累积发生率为51%。
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一篇来自中国的病例报道写，一名伴有代偿期肝硬化、存在拉米夫定耐药且合并慢性肾病的男性老年慢性乙型肝炎患者，由替诺福韦酯换成丙酚替诺福韦（TAF）后，病毒载量迅速下降，肾功能没有恶化。另一篇来自美国的病例报道写，一名患有慢性肾病、合并 HIV 与乙肝病毒感染的 61 岁男性，因替诺福韦酯发生范可尼综合征，换成丙酚替诺福韦后，乙肝病毒复制受到抑制，肾功能也有改善。这两例不能代替大型随机对照试验。一项在肝移植后合并慢性肾病的慢性乙型肝炎患者中验证丙酚替诺福韦疗效与安全性的 II 期试验（NCT02862548）当时仍在进行。
美国对使用恩替卡韦的慢性乙型肝炎患者所做的长期耐药监测显示，核苷类初治患者（663 例）的恩替卡韦基因型耐药五年累积发生率仅为 1.2%，拉米夫定耐药患者（187 例）则高达 51%。韩国一项回顾性队列中，初治患者（142 例）四年间无人发生恩替卡韦基因型耐药；拉米夫定经治患者（125 例）的四年累积发生率为 28.2%，风险高于初治患者（HR 43.885，95% CI 5.871–328.021，P<0.001）。同一研究里，拉米夫定经治但未检测到拉米夫定耐药变异的患者（233 例），四年累积发生率为 8.0%（HR 13.039，95% CI 1.721–98.777，P=0.013）。欧洲肝脏研究学会和美国肝病研究学会均推荐，拉米夫定耐药者的挽救治疗使用丙酚替诺福韦或替诺福韦酯。
替诺福韦酯可导致估算肾小球滤过率下降、骨密度降低、低磷血症，甚至诱发范可尼综合征。转换治疗的研究显示，慢性乙型肝炎患者由替诺福韦酯换成丙酚替诺福韦后，骨密度以及尿 β2 微球蛋白/肌酐比值、尿视黄醇结合蛋白/肌酐比值等肾功能指标有改善。两学会推荐正在使用替诺福韦酯但伴有肾脏或骨骼疾病的患者换用丙酚替诺福韦或恩替卡韦；欧洲肝脏研究学会还推荐 60 岁以上的患者从替诺福韦酯转换，有拉米夫定暴露史时优先选用丙酚替诺福韦。
恩替卡韦、替诺福韦酯等其他核苷（酸）类似物，在肌酐清除率低于 50 毫升/分钟时均需调整剂量。中国、欧洲及当时的美国说明书写明：成人与 12 岁及以上且体重至少 35 公斤的青少年，肌酐清除率不低于 15 毫升/分钟，或低于 15 毫升/分钟但正在透析时，丙酚替诺福韦无需调整剂量。
佑安医院一项回顾性研究显示，在该院接受核苷（酸）类似物治疗后发生耐药的病例中，恩替卡韦耐药所占比例上升；2016 年该院耐药病例里，恩替卡韦耐药占 17.1%。丙酚替诺福韦于 2018 年 11 月在中国获批用于治疗慢性乙型肝炎。2010 年甘肃武威横断面调查单独报告当地患病率：70 岁及以上为 5.1%，60 至 69 岁为 6.2%，50 至 59 岁为 8.5%，40 至 49 岁为 8.7%。老年患者合并肾病或骨病的可能性较高，既往也可能用过核苷（酸）类似物。上述比例没有互相合并。
